杀菌灭藻剂是具有强烈氧化性的杀生剂，通常是一种强氧化剂，对水中的微生物的杀生作用强烈。氧化性杀生剂对水中其它的还原性物质都能起到氧化作用，当水中存在有机物、硫化氢、亚铁离子时，会消耗掉一部分氧化性杀生剂，降低它们的杀生效果。循环冷却水系统中常用的氧化性杀生剂为含氯化合物、过氧化物、含溴化合物等具有氧化性能的化合物。
选择杀菌灭藻剂需要考虑的因素： 1、经济实用，效率高，价格源方便，溶解性好，使用安全方便。
2、注意微生物的抗药性。有资料介绍微生物对氯的抗药性。但是，一般实验证明微生物对非氧化型具有抗药性。
3、光谱杀菌灭藻剂应能有效控制多种微生物，对各种细菌、真菌、藻类都有很好的杀灭效果。使用后，杀菌灭藻率达到90%以上，药效维持在24小时以上。
4、与其他化学药剂和使用条件相容，应与缓蚀阻垢剂和其他相容，不相容。
5、不危害环境，为了防止污水对环境造成公害，需要了解的毒性等级，同时还须了解当地环境保护部门的规定和允许排放的指标。
化合物普遍具有杀菌灭藻速度快、杀生效果的广谱性高、处理费用低、对环境污染相对影响较小、微生物不易产生抗药性的优点。不足之处是受到水中的有机物和具有还原性物质的影响较大，药剂时间短，受水中的PH值影响也较大，同时，分散渗透和剥离效果差等。卤族元素氯、溴和碘都是性能良好的氧化性杀菌剂。氯来源广，价格低廉，使用方便，杀菌灭藻剂效果良好，可以和许多水质处理药剂一起使用而互不干扰或干扰很小，对环境污染小，广泛地用作工业和民用用水的微生物的杀菌剂。大型的循环冷却水系统多用，用量少的冷却水系统常用次氯酸钠或漂白剂。
